La Chiesa di San Vittore, unica parte dell’antico cenobio giuntaci intatta e indenne dalle trasformazioni dell’architetto Leopoldo Pollack realizzate all’inizio del diciannovesimo secolo, fu fatta costruire a partire dal 1520 dalle monache del monastero di Meda per sostituire l’antica e assai più piccola chiesa medievale posta all’interno del cenobio. L’edificio fu progettato agli inizi del secolo sedicesimo secondo lo schema monastico della doppia chiesa, schema detto di Santa Giustina o Cassinense, che prevedeva la divisione in due dell’aula: la parte interna era riservata alle monache, mentre la esterna veniva aperta al pubblico.
La parte interna, com’è noto, ha subito radicali modifiche ad opera dell’architetto Pollack ed ora è divisa in due nel senso dell’altezza nelle due sale denominate Sala del Coro e Limonera. L’esterna invece ci è giunta pressochè intatta come la lasciarono le monache al momento della soppressione del cenobio, il 31 maggio 1798. Il nome dei progettisti ci è ignoto, ma i nomi più accreditati della tipologia architettonica restano Cesariano e il Dolcebuono. Ben chiara invece è la matrice della preziosa decorazione pittorica: un ciclo completo che copre ogni angolo della chiesa, opera di Bernardino Luini e della sua scuola. Ricercare sugli affreschi la mano del maestro Bernardino, quella dei suoi figli Aurelio ed Evangelista o quella degli altri mestieranti della bottega è esercizio stimolante per appassionati e studiosi, qui ci basti citare la scritta 1520 riportata su due lesene e la memoria della dedicazione della Chiesa nel 1536.

Nella prima cappella di sinistra è pittoricamente narrata la vicenda della fondazione del monastero, con Aimo e Vermondo assaliti dai cinghiali. La seconda cappella, dedicata alla Vergine del Rosario, è arricchita da una statua in legno dorato del secolo sedicesimo. Inginocchiata in fianco alla Vergine, in atto di preghiera, vediamo ritratta Maria Cleofe Carcano, la badessa dei primi del Cinquecento coeva alla costruzione della chiesa. L’ultima cappella, priva d’altare, contiene in apposita nicchia il Mortorio, scena della deposizione di Cristo con statue lignee policrome a grandezza naturale, già così composto alla fine del Cinquecento. Nella cappella di fronte, l’ultima a destra, sono dipinte scene della vita dei santi Pietro e Paolo. Poi viene l’altare di San Carlo, che visitò il monastero nell'anno 1581, con la statua del santo rivestita di abiti pontificali al naturale. Proseguendo troviamo gli affreschi dell’adorazione dei Magi e il battesimo di Gesù, forse i primi eseguiti e caratterizzati da una pellicola pittorica differente. Sempre luinesco e di pregio particolare è il fregio sottostante la volta, ornato di tondi con le effigi di profeti e santi.

Qualche anno dopo la consacrazione della Chiesa (1536), Giulio Campi affrescava la parete retrostante l’altare maggiore. Del suo lavoro restano ai due lati gli affreschi delle Pie Donne e della Deposizione, mentre il centro è oggi occupato dall’imponente pala d’altare che rappresenta Cristo in gloria, opera di Giovan Battista Crespi detto il Cerano. La pala fu qui collocata nel 1626, in occasione della visita dell'arcivescovo di Milano Federigo Borromeo, quando fu costruito il nuovo altare ad intarsi marmorei, realizzato per conservare i resti dei santi Aimo e Vermondo, i due fondatori del monastero nella prima metà del secolo nono. Le ossa dei due santi sono ancora conservati nell’urna collocata sotto l’altare, che originariamente si trovava nella chiesa interna, in posizione rialzata.

La volta della chiesa è di particolare importanza, un vero arazzo policromo in cui i simboli della Passione si intrecciano a motivi prettamente rinascimentali. La vivacità dei colori, unita all’originalisima composizione, ne fanno un unicum che si ripete e si completa nell’adiacente Sala del Coro. Merita una menzione anche il pavimento, realizzato nel 1709, sotto il quale trovano spazio una serie di tombe destinate alle monache e il sepolcro in cui riposano Giovanni Della Lancia e la moglie Clara De Hortigosa.
La facciata che completa l’edificio verso la piazza se ne distacca completamente per lo stile: aggiunta nel 1730 in forme barocche, è adorna di cinque statue che rappresentano San Vittore a cavallo, i Santi Aimo e Vermondo, San Benedetto e San Mauro, quasi a testimoniare, ormai alla sua conclusione, la millenaria fortuna della stagione benedettina in Lombardia.